backup = charges により、backup は charges と同じ配列オブジェクトを参照します。sort! は元配列を直接並べ替える破壊的メソッドなので、charges が参照する配列そのものが [1000, 2000, 3000] に変わります。同じ配列を参照している backup から見ても、並び替え後の配列が表示されます。